Informatique génomique - Langage de balisage Omics (OML)

Le présent document est un format d’échange de données conçu pour faciliter l’échange de données omiques à travers le monde sans introduire de modifications aux bases de données existantes. D’un point de vue informatique, OML est un format d’échange de données basé sur XML. Le format d’échange de données (par exemple, schéma et DTD XML) entre dans le domaine d’application. La structure des systèmes et des bases de données qui envoient ou reçoivent les schémas d’informations ne s’inscrivent pas dans le domaine d’application. D’un point de vue biologique, tous les types d’omique relèvent du domaine d’application, mais les détails (par exemple, détails des variations de la séquence génomique ou séquence génomique complète) en sont exclus. Les annotations incluant les questions cliniques et les relations avec les autres questions omiques entrent dans le domaine d’application. L’application est concentrée sur la santé humaine, y compris les pratiques cliniques, la médecine préventive, la recherche translationnelle et la recherche clinique, notamment la découverte de médicaments. Le domaine d’application couvre les espèces associées à la santé humaine, notamment l’homme, les animaux en préclinique et les lignées cellulaires associées. Les autres espèces, recherches fondamentales et autres domaines scientifiques ne relèvent pas du domaine d’application.

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