Microbiologie de la chaîne alimentaire - Séquençage de génome entier pour le typage et la caractérisation génomique des bactéries - Exigences générales et recommandations

Le présent document spécifie les exigences minimales pour générer et analyser des données de séquençage de génome entier (WGS) obtenues à partir de bactéries présentes dans les aliments. Ces exigences sont applicables à toute plateforme ou tout procédé chimique de séquençage. Ce procédé peut comprendre les étapes suivantes : a) manipulation des cultures bactériennes ; b) isolement de l’ADN génomique ; c) préparation de la librairie, séquençage et évaluation de la qualité et du stockage des séquences nucléotidiques lues (reads) d’ADN brutes ; d) analyse bioinformatique visant à déterminer la parenté génétique et le contenu génétique, à prédire le phénotype et à valider le pipeline bioinformatique ; e) capture des métadonnées et dépôt dans des bases de séquences ; f) validation du processus de WGS de bout en bout (adapté à l’application prévue).

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