Le présent document spécifie une méthode de laboratoire permettant d'établir la liste des genres de cyanobactéries planctoniques (ou un autre niveau taxonomique si nécessaire) et leurs concentrations dans un échantillon d'eau. Il s'applique aux eaux intérieures (lacs, étangs, retenues d'eau, cours d'eau et autres masses d'eau) qui accueillent en particulier des activités de baignade et/ou de loisirs nautiques, ou qui seraient utilisées en tant que ressources superficielles pour produire des eaux de consommation humaine (EDCH). La méthode peut être étendue aux eaux intérieures influencées par des eaux salines notamment dans l'objectif de vérifier la présence de cyanobactéries mises en évidence plus en amont (cours d'eau tributaires d'un plan d'eau). La méthode décrite ne s'applique pas aux eaux d'estuaires et aux eaux marines.Cette méthode peut également être utilisée pour contrôler le niveau de contamination d'eaux de consommation distribuées en réseau. Enfin, les concentrations des cultures de cyanobactéries réalisées en laboratoire peuvent être vérifiées par cette méthode.La méthode repose sur une observation microscopique. Elle est applicable quelle que soit la concentration en cyanobactéries planctoniques sous réserve que le volume d'échantillon analysé soit adapté au niveau de contamination de l'échantillon.La méthode n'est pas adaptée au dénombrement des picocyanobactéries mais permet cependant la prise en compte des individus coloniaux de cyanobactéries quelle que soit la taille des cellules les composant. A titre d'exemple les colonies des individus appartenant aux genresAphanocapsa, Cyanogranis, Cyanodictyon, sont à intégrer aux dénombrements ainsi que les cellules isolées de Microcystis. La méthode permet également le recensement des cellules isolées provenant le cas échéant d'individus coloniaux déstructurés et dont la taille permet l'observation (>2 micron m ).L'annexe A fournit des informations générales concernant les cyanobactéries.

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