Deux cas d'estimation de l'incertitude de mesure sont à distinguer : Le cas de la qualification du système de mesure : il s'agit d'un calcul d'incertitude effectué avant la mise en oeuvre du matériel sur site, afin de vérifier que l'analyseur permet de mesurer le composé visé au niveau de la valeur limite d'émission (VLE) en respectant le seuil d'incertitude fixé par la réglementation, ou une limite qui peut être donnée dans un document normatif Les protocoles normatifs décrivant les méthodes de référence mettant en jeu un système de mesure automatique, imposent de telles exigences. ou choisie par l'utilisateur ; Le cas d'un mesurage sur site : il s'agit d'un calcul d'incertitude effectué après la mesure sur site, afin de déterminer l'incertitude associée au résultat de mesure obtenu, en prenant en compte les spécificités du site pendant la période de mesurage considérée (conditions d'environnement, matrice) et la dérive de l'appareil sur cette période. Ce calcul est également nécessaire pour un appareil d'auto-surveillance après son installation, afin de s'assurer qu'il continue dans le temps à respecter l'exigence réglementaire relative à l'incertitude de mesure. C'est également une estimation qui doit être effectuée par les organismes qui réalisent des contrôles réglementaires d'installations industrielles, pour répondre, en tant que laboratoires accrédités, à l'exigence de la norme NF EN/ISO/IEC 17025.